RO系统采用交叉过滤而不是标准过滤，其中污染物被收集在过滤介质中。通过交叉过滤，溶液通过过滤器，或穿过过滤器，带有两个出口：过滤后的水单向流动，污染的水流向另一个方向。为了避免污染物积聚，交叉流过滤允许水扫除污染物积聚并且还允许足够的湍流以保持膜表面清洁。

反渗透ro会从水中除去哪些污染物？反渗透能够从进水中去除高溶解盐（离子），颗粒，胶体，有机物，细菌和热原。RO膜根据其尺寸和电荷排除污染物。任何分子量大于200的污染物都可能被正常运行的RO系统排斥。同样，污染物的离子电荷越大，它越不可能通过RO膜。例如，钠离子仅具有一个电荷（单价）并且不被RO膜以及例如具有两个电荷的钙排斥。同样，这就是RO系统不能很好地去除CO2等气体的原因，因为它们在溶液中不会高度离子化（带电）并且分子量非常低。因为RO系统不会去除气体，所以当CO 2转化为碳酸时，渗透水可以具有略低于正常pH值的水平，这取决于给水中的CO 2水平。

对于大流量和小流量应用，反渗透在处理微咸水，地表水和地下水方面非常有效。使用反渗透水的行业的一些例子包括制药，锅炉给水，食品和饮料，金属表面处理和半导体制造等等。