1、浓差极化

反渗透脱盐系统里，膜的选择透过性，可以让水分子从高压侧透过膜，但是溶质分子依旧残留在原溶液里，这会导致膜表面上的料液和进口料液之间产生一个浓度差，甚至会产生很高的浓度梯度，这种现象可以称为浓差极化。浓差极化会使料液渗透压变大，可以有效推动力减小，造成透水速度和脱盐率下降。

2、无机盐结垢

CaCO3、CaSO4、CaF2及SiO2 等溶度积较小的盐类，在反渗透过程中可能会被析出来，因此产生沉积物就停留在膜表面上或在进水通道中形成水垢。

3、吸附性污染

一些井水水源会含有铁离子和锰离子，并且具有一定的还原性，这类水源容易造成膜污堵，根本原因是铁、铝、锰等在膜表面产生胶体颗粒污堵。金属污染表现是产水量下降，压差上升。

4、生物污泥的形成

使用地表水和污水的水源，常会遇到生物污泥问题。因为膜的表面覆盖这生命力旺盛的微生物污泥时，膜除去的盐类会陷在黏层当中，不容易被水冲走，给微生物的繁殖提供了丰富的营养物质，而且反渗透进水前在预处理时会加入阻垢剂、软水剂等也能促进微生物生长。

5、胶体物污染

地下水及地表水都含有铁、铝、硅、有机质等物质，它们会和预处理时加入的混凝剂、助凝剂、阻垢剂等形成胶体沉积在膜表面造成胶体污染。胶体物污染比较难处理。

6、水锤现象

因为反渗透系统设计的不合理性，使其在开始调试阶段时，装填膜的膜壳内会有大量的空气，而当待处理液进入膜壳时，因为空气的可压缩性，所以不能完全排尽;如果空气在膜壳内达到一定压力，会突然爆破释放，引起反渗透膜在膜壳内相互撞击、挤压以及窜动，产生“水锤”现象。

7、悬浮颗粒物

保安过滤器容易造成过滤介质、腐蚀碎片及异物等的泄漏或反渗透初次投用时冲洗不彻底，可能使膜元件受到污染。

8、其他因素造成的污染